För längesedan fanns det en hamnstad som det gick mycket dåligt för. Det ville sig så illa att den sjönk ner i jorden och försvann. En ny stad, Rogueport, byggdes på samma plats som den sjunkna staden hade funnits. Då är det inte så konstigt att folk har fått för sig att det förlorade kungariket kanske döljer sig bakom den tusenåriga dörren som står att finna vid ruinerna av den gamla staden.
Mario lägger förstås sin stora rörmokarnäsa i blöt när prinsessan Peach kontaktar honom. Hon befinner sig i Rogueport och har precis köpt en skattkarta. När Mario kommer till staden så verkar det som om prinsessan har gått upp i rök. Vad tusan, är det dags nu igen? Varför envisas Mario med att släppa iväg henne ensam överhuvudtaget när hon faktiskt har en viss fallenhet för att bli kidnappad sjutton gånger om året? Nåväl. Med hjälp av sin nyvunna vän Goombella och professor Frankly kan han kanske hitta henne. Försvinnandet verkar inte helt orelaterat till skattkartan heller så det blir till att följa den.