Stackars Mario, aldrig får han ta det lugnt eller ens parta med de andra pojkarna.
Den här gången gör elaka Bowser sitt intåg just när det är dags för Stjärnfestivalen. Han anländer med sin gamla vanliga flotta luftskepp, men gör ett storslaget avslut genom att kidnappa med sig prinsessan Peach i ett gigantiskt UFO. Mario, som inte är helt van vid utomjordisk teknologi, fet-misslyckas med sitt räddningsförsök och kastas tvärsöver galaxen. Hoppsan då.
När han vaknar är det på en helt annan planet (som inte verkar lyda fysikens lagar riktigt; det känns lite osannolikt att en sån pyttig himlakropp ska ha någon gravitation att tala om. Nåväl.); och där får han en ny bekantskap i Rosalina och hennes små stjärnkompisar.
Marios nya uppdrag är att samla ihop så många Power Stars han kan, för att fröken Mystisk ska få fart på sitt stjärnobservatorie igen och i sinom tid kunna skjutsa Mario till mitten av universum där Bowser sitter och ruvar.